宝石版にも個体値が設定されていますが、金銀水晶までと違う点が幾つかあります。

　まず、前までは個体値がＨＰを除くそれぞれの能力につき０〜１５まであり、レベル１００での能力差は最大３０でした。
しかし、宝石版では個体値がＨＰも含む全ての能力にそれぞれ０〜３１まで設定されており、レベル１００での能力値差は最大３１となりました。

　これによってピカチュウなど、前からいたポケモンたちの最大能力値が１高くなっています。
ただし、金銀水晶までは全ての努力値をマックスにできていましたが、宝石ではそれができなくなっています。詳しくはこちら。

　また、新たに「性別値」という値が設定されました。この値によって、雌雄や色違いが現れます。他の能力値は関係しません。
性別値は０〜２５５の範囲なので、色違いに出会う確率は1/256≒0.39％になりました。前よりは出会いやすくなりましたね。

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